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水產養殖動物的疾病種類很多，如病毒性疾病、細菌性疾病、真菌性疾病、寄生蟲性疾病、非寄生性疾病等，必須診斷準確，再選擇治療方法。主要有拌藥餌投喂法、浸泡藥浴法、注射法、涂抹法、全池潑灑法、掛簍掛袋法等，關于選擇哪種方法要綜合考慮以下因素：

根據患病動物的狀況選擇

患病后的水產養殖動物一般都較少攝食或不采食、游動緩慢或出現離群獨游等現象。對于食欲下降的魚類，即使在飼料中拌上藥物投喂也很少起作用，只能是對尚能攝食的魚類起作用，難以達到治療的目的；另外，對于有攝食能力的魚類，如果攝食的藥物超量，還會造成藥害；對于不能攝食的魚類則根本不起作用。而未被攝食的藥餌，會不斷地釋放養殖水體中，對養殖環境造成不良影響。因此，采用投喂藥餌時要注意患病水產養殖動物的攝食能力。

根據病原的特性選擇

水產養殖動物的病原體有病毒、細菌、寄生蟲等多種類型，對于不同類型的病原體應采用不同的藥物。因此，必須在確定病檢的基礎上，對病種做出正確的診斷后選擇藥物。

對于病毒病，目前還沒有有效的治療藥物，而對患病毒病的魚類用藥，主要是為了控制病原性細菌對其的二次感染。

對于細菌性水產養殖動物疾病，一般采用抗生素藥物進行治療，在這種情況下，還需要注意患病魚類是局部感染還是全身性感染，由此來選擇給藥方式。

由寄生蟲引起的各種疾病，如果魚的體表寄生大量寄生蟲性病原體，可采用藥浴、全池潑灑等外用藥治療，而對于寄生在魚消化道內的寄生蟲引起的疾病，則必須投喂藥餌才能起到良好效果。

使用者要認真閱讀產品說明書，有的劑型藥物在消化道內不容易吸收，而較容易通過魚鰓吸收。